Η συμμετοχή σε έλεγχο μπορεί να οδηγήσει σε συνέπειες, σε περίπτωση διαπίστωσης αποκλίσεων ανάμεσα στα δηλωμένα και τα πραγματικά στοιχεία.
Σε περιπτώσεις ανακριβειών ή παραλείψεων, επιβάλλουν περικοπές ή αποκλεισμό ενισχύσεων για συγκεκριμένα αγροτεμάχια ή δράσεις.
Αν έχουν ήδη γίνει αδικαιολόγητες πληρωμές, ενεργοποιούν τη διαδικασία επιστροφής των ποσών.
Σε σοβαρές παραβάσεις ή περιπτώσεις δόλου, οι ποινές μπορεί να ισχύουν και για επόμενα έτη.
Παράλληλα, όταν ο παραγωγός μπει σε δείγμα ελέγχου, όλες οι συναφείς πληρωμές παγώνουν προσωρινά έως την καταχώριση του πορίσματος.
Η αναστολή αυτή αφορά ενισχύσεις όπως τα δικαιώματα, τις συνδεδεμένες, τα μέτρα του ΠΑΑ και ενδεχομένως αποζημιώσεις.
Είναι προβλεπόμενη διαδικασία, για τη διασφάλιση της ακρίβειας των πληρωμών. Ο παραγωγός δεν χάνει την ενίσχυση, αλλά την εισπράττει αργότερα, μετά την ολοκλήρωση του ελέγχου.
